今天的科學家比以往任何時候都更了解棲息在我們嘴裡的微生物。事實上，他們非常了解，以至於在設計實驗時將所有相關信息收集到一個地方本身就是一項工作。現在，隸屬於美國國立衛生研究院的美國國家牙科和顱面研究所 (NIDCR) 的受助者及其國際同事打算通過推出第一個口腔微生物組綜合數據庫（大約 600 個）來解決這個問題目前已知生活在口腔中的不同微生物。
免費的在線綱要稱為人類口腔微生物組數據庫（HOMD）。該數據庫今天作為牛津口腔微生物詞典的數字等效物上線，為每個物種提供詳細的生物學條目以及這些微生物表達的數千個基因的廣泛目錄。該網站位於
“HOMD 滿足了一項關鍵的研究需求，”NIDCR 主任 Lawrence Tabak，D. D. S.，Ph. D. 說。 “口腔微生物組數據極其豐富，HOMD 成為科學家查看和檢索這些信息、產生新假設、進行計算發現並最終開發出更俱生物學意義的療法來控制口腔疾病的重要搜索引擎。”
據該項目負責人、福賽斯研究所科學家弗洛伊德·德惠斯特（D. D. S., Ph. D.）介紹，HOMD 還引入了第一個全面的命名系統，為未培養或以前未命名的口腔命名帶來秩序微生物。標準化的編號系統有助於消除令人困惑的名稱和無信息的數據庫名稱，這些名稱使科學家感到沮喪，有時還會阻礙他們的研究。
該數據庫還根據其 16S rRNA 序列對每種微生物進行分類，這是科學家在過去二十年中用來識別微生物的獨特遺傳信息指紋。該序列信息允許將微生物放置在顯示它們如何相互關聯的家譜中。對於那些 DNA 已被測序的生物，HOMD 提供在線工具來查看和分析它們的所有基因和蛋白質。數據庫中的每一類信息都是相互關聯的、易於搜索的、適當註釋的，並且會經常更新以保持最新狀態。
Dewhirst 指出，儘管 HOMD 已正式向科學家開放，但該數據庫仍然是一個正在進行的項目。 “我們已經為研究界收集了大量有用的信息，但我們將在未來幾年繼續擴展和完善數據庫，”Dewhirst 說。“我可以看到人類口腔微生物組數據庫現在和未來幾年可以作為其他微生物組數據庫的寶貴模型。”
被非正式地稱為“生物學的下一場革命”的微生物組研究為了解佔據人體大部分部位的複雜微生物群落打開了必要的窗口。這些研究將確定微生物如何有助於維持健康，並且當它們的群落動態受到干擾時，它們在常見的慢性疾病中發揮作用，例如蛀牙和口腔中的牙周病。 2007 年 12 月，NIH 啟動了人類微生物組計劃，該計劃最初將對從口腔、皮膚、消化道、鼻子和女性泌尿生殖道的微生物群落中取樣的 600 種代表性微生物的所有基因或基因組進行測序。其他研究正在進行中或正在開發中。
在那些已經在進行中的項目中，有一個由 NIDCR 支持的項目，該項目旨在編譯所有口腔微生物完整基因組的完整目錄。它已經產生了大量的數據，再加上幾十年來對口腔細菌的傳統研究，對一個全面的、用戶友好的數據庫的需求已成為當務之急。
“目前口腔微生物組比身體其他部位的微生物組更了解，例如腸道，”同樣在福賽斯研究所和另一位項目科學家的布魯斯·帕斯特博士說。 “由於口腔微生物出現在整個人體的感染中，HOMD 數據庫肯定會對醫生有用。同樣，工業微生物學家會發現 HOMD 很有幫助，因為口腔微生物有時會污染食品或藥物製造過程。”
